Au sommet de la colline de Santa Maria, entourée des murailles du château, les conquérants chrétiens de l’Ordre de Saint-Jacques ont consolidé leur présence civile, militaire et religieuse. Les premières églises ont vu le jour, construites en récupérant ce qui restait des anciennes mosquées arabes. C’est vraisemblablement ainsi qu’a été construite l’église paroissiale de Santa Maria (Sainte-Marie), dont l’édification surplombant la ville médiévale s’est réalisée à l’initiative de l’Ordre de Saint-Jacques. Par la suite, les nobles, les hommes du clergé et les riches bourgeois ont voulu graver leur mémoire pour la postérité, en faisant ériger des chapelles, en organisant des messes et en faisant don de sommes importantes pour l’architecture religieuse. Dans ce contexte, le style gothique – qui se dénote dans l’architecture par l’utilisation fréquente de l’arc brisé et des voûtes à nervures – a marqué les constructions dans la ville au bas Moyen Âge (XIIIe-XVe siècles). Toutefois, l’histoire n’a préservé que quelques fragments, c’est-à-dire des vestiges qui ont survécu au temps, aux catastrophes naturelles, à l’évolution des goûts et aux transformations du paysage construit de la ville. Au Portugal, la dernière phase du gothique correspond au style manuélin. Le style connaît sa phase florissante sous le règne de Manuel Ier (1495-1521), un développement lié au souhait du monarque d’élever le règne grâce à des constructions à la hauteur de la gloire obtenue grâce à l’expansion portugaise dans le monde. Le manuélin s’affirme surtout au niveau de la décoration architectonique. L’ornementation, exubérante et éclectique, envahit les portiques ou les colonnes intérieures, alors que les voûtes se paraissent d’un réseau complexe de nervures. Les arcs brisés gothiques sont remplacés par les arcs polylobés, outrepassés, en accolade, présentant diverses combinaisons, affirmant le goût pour une décoration démesurée, pour l’exotisme et le fabuleux. À cette époque, Tavira, élevée au rang de ville en 1520, était le principal centre urbain de l’Algarve et dans le cadre de l’expansion portugaise, la ville bénéficiait d’une situation stratégique, servant à la défense et à la préservation des places conquises dans le nord de l’Afrique. Le manuélin a marqué la ville, par l’intermédiaire de l’influence laissée par les nombreux artistes de renom qui sont passés sur ces terres, avant d’embarquer vers les places marocaines où ils ont développé leur travail artistique au service de la couronne.