Entre la fin du VIIIe siècle et le VIe siècle av. J.-C., une population provenant de la Méditerranée orientale s’est installée sur la colline de Santa Maria. Navigateurs et commerçants expérimentés, les Phéniciens ont colonisés la Méditerranée orientale vers le IXe siècle av. J.-C. Plusieurs vestiges de cette période ont été découverts à Tavira, notamment sur les sites de Palácio da Galeria (Palais de la galerie) et de l’ancien manoir de la famille Corte Real et à proximité du Couvent da Graça, où une nécropole phénicienne datant de la deuxième moitié/fin du VIIe siècle av. J.-C. a été découverte, et où les corps incinérés étaient déposés dans des urnes en céramique. Dès le début du VIe siècle, les fortes influences syriennes et puniques, présentes depuis le VIIIe siècle, ont vu naître la Turdétanie, une région qui s’étendait des Colonnes d’Hercules (détroit de Gibraltar) jusqu’au cap Sacré (cap Saint-Vincent). Les vestiges de l’époque islamique découverts à l’intérieur de l’actuel centre muséologique islamique ont permis d’attester la pratique d’activités de pêche et de conserverie, grâce, notamment au quai d’ancrage, à l’entrepôt d’amphores à préparations de poissons, et même le plus ancien filet de pêche de thon connu au monde. Au début du IIIe siècle av. J.-C., la population de Tavira se serait déplacée pour s’installer un kilomètre en amont, sur le Cerro do Cavaco. Après la colonisation romaine, vers 30 av. J.-C., une nouvelle migration a lieu, cette fois-ci vers la côte, entre Santa Luzia et Luz de Tavira, et donne lieu à la fondation de l’opulente «Balsa». De l’occupation romaine à la ville actuelle de Tavira, on ne sait que peu de chose. La toponymie du lieu amène à ce que certains auteurs défendent l’existence d’une villa romaine à Bela Fria. Mais elle n’a cependant pas encore été découverte. Par ailleurs, le vieux pont qui est traditionnellement appelé «pont romain» a des origines bien médiévales (XIIe siècle). Lors de l’arrivée des peuples musulmans, vers le XIe siècle, Tavira aurait été déserte ou elle aurait du moins perdu son éclat économique et commercial d’antan. Sous la domination musulmane, Tavira reçoit un nouveau souffle et devient capitale de taïfa. Durant la période almohade, Tavira sera même capital de district.